山羊产羔数全基因组关联分析

doi:10.11843/j.issn.0366-6964.2015.04.006

畜牧兽医学报 ›› 2015, Vol. 46 ›› Issue (4): 549-554.doi: 10.11843/j.issn.0366-6964.2015.04.006

山羊产羔数全基因组关联分析

兰蓉¹，朱兰¹，姚新荣²，王鹏²，邵庆勇¹，洪琼花^1*

（1.云南省畜牧兽医科学院，昆明 650224； 2.云南省种羊繁育推广中心，寻甸 650000）

收稿日期:2014-07-02 出版日期:2015-04-23 发布日期:2015-04-23
通讯作者: 洪琼花，研究员，E-mail:yxh7168@126.com
作者简介:兰蓉（1969-），女，云南人，副研究员，硕士，主要从事家畜分子遗传育种研究，E-mail:rtlankitty@163.com
基金资助:
国家现代农业产业技术体系建设专项（CARS-39）；云南省科技计划项目（2014BB014）

Genome-wide Association Study of Lambing Number in Goat

LAN Rong¹，ZHU Lan¹，YAO Xin-rong²，WANG Peng²，SHAO Qing-yong¹，HONG Qiong-hua^1*

(1.Yunnan Institute of Animal Science and Veterinary，Kunming 650224，China；2.Sheep Breeding Promotion Center in Yunnan Province，Xundian 650000，China)

Received:2014-07-02 Online:2015-04-23 Published:2015-04-23

摘要/Abstract

摘要：

本研究旨在通过对山羊产羔性状的全基因组关联分析（GWAS），寻找和定位与山羊产羔性状密切关联的新基因。以云南黑山羊6个公羊家系的302只山羊为试验材料，用Illumina 公司Iselect Goat60k芯片技术进行SNP分型，分型结果利用plink V1.07的线性回归模型对山羊产羔数性状进行全基因组关联分析。研究结果表明：在2号染色体上有2个SNPs位点与山羊产羔数达到5%基因组水平显著相关(P<1.48E-6)，分别位于SLC4A10基因的下游和TBR1基因的上游；5个SNPs位点与山羊产羔数达潜在关联（P<2.97E-5），分别位于1号染色体SENP7基因上游，21号染色体Hypothetical Protein基因的上游，以及28号染色体WDFY4基因和TMEM26基因的上游、 BICC1基因的下游。这些基因可作为山羊产羔数性状的相关候选基因，也可为山羊产羔性状的分子机制研究和今后标记辅助选择的开展提供理论基础及新的研究线索。

Abstract:

The aim of this study was to find and map novel genes related to lambing number in goat by genome-wide association study(GWAS).A total of 302 Yunnan Black goats from 6 families were genotyped by Illumina Goat60K iSelect array.The GWAS on goat lambing number was performed.The Results showed that 2 SNPs located at the downstream of SLC4A10 and upstream of TBR1 on chromosome 2 were significantly associated with lambing number (P<1.48E-6) at 5% genome-wide level.Five SNPs were suggestive associated with lambing number (P<2.97E-5).These 5 SNPs were located on chromosome 1，21，28，respectively，including SENP7，Hypothetical Protein，WDFY4，TMEM26 and BICC1 genes.These genes and SNPs offer essential information for understanding the molecular mechanisms of lambing number and provide foundation for the application of marker-assisted selection in breeding program of goat.

中图分类号:

S827
S813.3

兰蓉，朱兰，姚新荣，王鹏，邵庆勇，洪琼花. 山羊产羔数全基因组关联分析[J]. 畜牧兽医学报, 2015, 46(4): 549-554.

LAN Rong，ZHU Lan，YAO Xin-rong，WANG Peng，SHAO Qing-yong，HONG Qiong-hua. Genome-wide Association Study of Lambing Number in Goat[J]. ACTA VETERINARIA ET ZOOTECHNICA SINICA, 2015, 46(4): 549-554.

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